晋废帝名叫司马奕，字延龄，是晋哀帝的同母弟弟。咸康八年被封为东海王。永和八年被任命为散骑常侍，不久加授镇军将军；升平四年被任命为车骑将军。升平五年，改封为琅邪王。
隆和初年，转任侍中、骠骑大将军、开府仪同三司。兴宁三年二月丙申日，晋哀帝驾崩，没有子嗣。丁酉日，皇太后下诏说：“皇帝最终没能治愈疾病，艰难灾祸接连到来，皇位的继承人没有了，我内心悲痛万分。琅邪王司马奕，品德高尚且是皇室近亲，应当成为皇位继承人，应该尊奉祖宗，继承皇位。马上举行即位大典，以安抚人心和神灵。”于是百官到琅邪王的府邸迎接司马奕。当天，司马奕即皇帝位，大赦天下。
三月壬申日，将晋哀帝安葬在安平陵。癸酉日，散骑常侍、河间王司马钦去世。丙子日，慕容暐的部将慕容恪攻陷洛阳，宁朔将军竺瑶逃奔到襄阳，冠军长史、扬武将军沈劲战死。
夏天六月戊子日，使持节、都督益宁二州诸军事、镇西将军、益州刺史、建城公周抚去世。秋天七月，匈奴左贤王卫辰、右贤王曹谷率领两万部众进犯苻坚的杏城。己酉日，改封会稽王司马昱为琅邪王。壬子日，册立庾氏为皇后。封琅邪王司马昱的儿子司马昌明为会稽王。
冬天十月，梁州刺史司马勋反叛，自称成都王。十一月，率领部众进入剑阁，攻打涪城，西夷校尉毌丘暐弃城逃走。乙卯日，在成都包围益州刺史周楚，桓温派江夏相朱序前去救援。十二月戊戌日，任命会稽内史王彪之为尚书仆射。
太和元年春天二月己丑日，任命凉州刺史张天锡为大将军、都督陇右关中诸军事、西平郡公。丙申日，任命宣城内史桓秘为持节、监梁益二州征讨诸军事。
三月辛亥日，新蔡王司马邈去世。荆州刺史桓豁派督护桓罴攻打南郑，魏兴人毕钦起兵响应桓罴。夏天四月，发生旱灾。五月戊寅日，皇后庾氏驾崩。朱序在成都攻打司马勋，司马勋的部众溃败，朱序擒获司马勋，将其斩杀。
秋天七月癸酉日，将孝皇后安葬在敬平陵。九月甲午日，特赦梁州、益州二州的罪犯。冬天十月辛丑日，苻坚的部将王猛、杨安攻打南乡，荆州刺史桓豁前往救援，军队驻扎在新野时王猛、杨安退兵。任命会稽王司马昱为丞相。
十二月，南阳人赵弘、赵忆等人占据宛城反叛，太守桓澹逃到新野自保。慕容暐的部将慕容厉攻陷鲁郡、高平。
太和二年春天正月，北中郎将庾希有罪，逃入大海。夏天四月，慕容暐的部将慕容尘进犯竟陵，太守罗崇将其击败。苻坚的部将王猛进犯凉州，张天锡抵御，王猛的军队战败。
五月，右将军桓豁攻打赵忆，将其击退，进而擒获慕容暐的部将赵槃，送往京城。秋天九月，任命会稽内史郗愔为都督徐兖青幽四州诸军事、平北将军、徐州刺史。冬天十月乙巳日，彭城王司马玄去世。
太和三年春天三月丁巳初一，发生日食。癸亥日，大赦天下。夏天四月癸巳日，天降冰雹，大风折断树木。秋天八月壬寅日，尚书令、卫将军、蓝田侯王述去世。
太和四年夏天四月庚戌日，大司马桓温率领部众讨伐慕容暐。秋天七月辛卯日，慕容暐的部将慕容垂率领部众抵御桓温，桓温将其击败。九月戊寅日，桓温的副将邓遐、朱序在林渚遭遇慕容暐的部将傅末波，又将其大败。戊子日，桓温到达枋头。丙申日，因为粮草运输供应不上，焚烧船只后返回。辛丑日，慕容垂在襄邑追击并击败桓温的后军。
冬天十月，有大星向西流动，响声如同打雷。己巳日，桓温收拢零散的士兵，驻扎在山阳。豫州刺史袁真占据寿阳反叛。十一月辛丑日，桓温从山阳与会稽王司马昱在涂中会合，谋划接下来的行动。十二月，在广陵修筑城池并居住在那里。
太和五年春天正月己亥日，袁真的儿子袁双之、袁爱之杀害梁国内史朱宪、汝南内史朱斌。二月癸酉日，袁真去世，陈郡太守朱辅拥立袁真的儿子袁瑾继续统领事务，向慕容暐求救。
夏天四月辛未日，桓温的部将竺瑶在武丘击败袁瑾。秋天七月癸酉初一，发生日食。八月癸丑日，桓温在寿阳攻打袁瑾，将其击败。
九月，苻坚的部将王猛讨伐慕容暐，攻陷上党。广汉的妖贼李弘与益州的妖贼李金根聚众反叛，李弘自称圣王，部众有一万多人，梓潼太守周虓将其讨伐平定。
冬天十月，王猛在潞川大破慕容暐的部将慕容评。十一月，王猛攻克邺城，擒获慕容暐，完全占据了慕容暐的地盘。
太和六年春天正月，前秦苻坚派部将王鉴去援助袁瑾。东晋将军桓伊迎战，把王鉴打得大败。丁亥日，桓温攻克寿阳，斩杀袁瑾。三月壬辰日，监益宁二州诸军事、冠军将军、益州刺史、建城公周楚去世。
夏天四月戊午日，朝廷宣布大赦天下，还赐给穷困无依的人每人五斛米。苻坚的将领苻雅攻打仇池，仇池公杨纂投降。六月，京都以及丹杨、晋陵、吴郡、吴兴、临海都遭遇了大水灾。
秋天八月，朝廷任命前宁州刺史周仲孙为假节，监益梁二州诸军事以及益州刺史。冬天十月壬子日，高密王司马俊去世。十一月癸卯日，桓温从广陵率军驻扎到白石。丁未日，桓温前往皇宫，图谋着废立皇帝。他诬陷皇帝司马奕在藩国时就一直患有阳痿之疾，说皇帝的宠臣相龙、计好、朱灵宝等人在后宫侍奉，而田氏、孟氏两位美人却生下三个男孩，还打算将孩子封王，当时的人都感到疑惑。桓温借此暗示太后，要行伊尹、霍光那样废立皇帝的事。
己酉日，桓温召集百官到朝堂，宣读崇德太后的命令。命令里说，王室一路走来艰难，穆帝、哀帝在位时间都不长，皇室继承人一直没能顺利确定，储君之位空缺。琅邪王司马奕是先帝同母弟弟，所以被迎立为帝。没想到他不注重德行修养，竟到了如今这般地步。他昏庸糊涂，行为混乱，一举一动都违背礼度。这三个孩子都不知道是谁的。人伦道德丧失，丑闻传得很远。这样的人既不能守护国家，也不能恭敬地继承宗庙。况且这几个孩子逐渐长大，他还想立他们为储君。这是欺骗祖宗，妄图动摇皇室根基。这种事如果能容忍，还有什么不能容忍！现在要把司马奕废为东海王，让他回到自己的王府，供应和护卫的规格，都按照汉朝处置昌邑王的旧例。只是我这个未亡人很不幸，遭遇这么多忧患，想到生死之事，心里像刀割一样。但为了国家大计，实在不得已。我对着纸笔，满心悲戚，难以言表。
于是百官进入太极前殿。当天，桓温就派散骑侍郎刘享去收缴皇帝的玺绶。司马奕头戴白色便帽，身穿单衣，走下西堂，乘坐牛车从神兽门出宫。群臣向他拜别，个个都忍不住叹息抽泣。侍御史和殿中监带领一百士兵护送司马奕到东海王府。
当初，桓温就有谋反篡位的心思，他想先在河朔立下战功，赢得众人的威望和支持。但枋头之战失败后，他的威名受挫，就暗中谋划废立皇帝，以此来扩大自己的权势。然而他忌惮司马奕坚守正道，怕引发众人议论。因为宫廷隐秘，床笫之事容易编造谎言，于是就造谣说皇帝不能生育，是个阉人，最终实现了他废黜皇帝的目的。
其实，司马奕一直都对自己的命运有所担忧，他曾找来术士扈谦占卜。扈谦占完卦后回答说：“晋室的根基如磐石般坚固，但陛下您有出宫的迹象。”没想到，最终真的应验了。
咸安二年正月，司马奕被降封为海西县公。四月，他被迫迁居到吴县，朝廷命令吴国内史刁彝负责防卫，还派遣御史顾允前去监察。
十一月，妖贼卢悚派弟子殿中监许龙，一大早就来到司马奕的住所，声称奉太后密诏，前来迎接他复位，复兴晋室。司马奕一开始有些心动，差点就答应了，好在听了保姆的劝阻才打消念头。许龙急了，说道：“大事眼看就要成功，何必听妇孺之言呢？”司马奕却很清醒，回答道：“我获罪于此，有幸得到宽恕，哪还敢轻举妄动！况且要是太后真有诏书，理应是朝廷官员一起来，怎么只派你一人？你肯定是来作乱的。”说完便喝令左右侍从将许龙捆绑起来，许龙吓得赶紧逃走。
经此一事，司马奕深知自己复位无望，更害怕招来横祸，于是开始装糊涂，什么都不过问，整天饮酒作乐，沉迷于后宫的妻妾，即便有了孩子也不敢养育，只求能平安度过余生。当时的百姓都很同情他，还为此作了歌谣。朝廷见司马奕安于这种屈辱的生活，也就不再对他有所防备。
太元十一年十月甲申日，司马奕在吴县去世，年仅四十五岁。
史官评论说：晋孝宗（司马聃）即位时还是个幼儿，得益于母亲的教导，国家内外太平了十多年。要是凭借武安君那样的军事才能开拓疆土，以周文王的风范影响江汉地区，那就像孔子所说的，没有什么可挑剔的了。晋哀帝（司马丕）宽厚仁惠，本可以成为贤君，可惜却因迷信方术祈求长生，损害了自己的德行。东海王（司马奕）拒绝许龙的迎立，屈服于专权的臣子，正所谓柔弱能胜刚强，得以尽享天年。
赞辞写道：晋孝宗在位时无为而治，以大孝著称，遵循母亲的教诲，成就了恭敬的美德。向西征伐玉垒，向北进军金墉。迁徙旧地的僰人，他们无不前来归顺。晋哀帝宽厚仁义，神灵已有所感应。东海王司马奕遭遇诸多变故，时运不济灾祸降临。他不同于霍光辅佐的昌邑王，处境却很艰难。