着丝粒组蛋白H3存在于真核生物的功能着丝粒中，为功能着丝粒染色质最基本的特征，是组蛋白H3的一类变异体，同时亦是一种DNA包装蛋白。其对染色体着丝粒的定位、功能和遗传起决定性作用。着丝粒组蛋白H3可作为着丝粒表观遗传学的特殊标记物，此类蛋白可通过招募其他CenH3蛋白来确保细胞分裂后着丝粒上有足够的CenH3，不会随着细胞分裂而使CenH3蛋白数量减半，以利于着丝粒的位置代代相传。