在早期发育胚胎的原肠期，出现三种原始胚层（primary germ layers），其中位于最内或最下的胚层为内胚层。它是由上胚层（epiblast）细胞增殖迁出部分细胞进入下胚层（hypoblast），并逐渐取代下胚层细胞，由此形成了内胚层。内胚层细胞最终分化发育成消化道、肝脏、胰腺和肺等相关的组织器官。