光绪三十一年也就是1905年，武卫右军奉令离开韩家墅，开往南苑驻防，改为第六镇。原来第三营的中左右三哨，改成第六镇第二十四标第三营前左两队。冯玉祥也由哨长改任司务长。
改编以后，一切都采用新军的办法，因此军中颇有一番新气象。那时统制是段祺瑞，协统十一协是陆建章，十二协是何宗廉，标统是王化东。
统制相当于师长，协统是旅长，标统是团长，队官是连长，管带就是营长，正副目则分别是正副班长。
王化东文武兼长，文笔固好，军学也研究得不错，并且为人态度诚恳，勤于训练，这算是冯玉祥从军以来第一次遇着的好长官。
队伍在南苑训练，每日官长目兵都上讲堂，学术两科并重。段祺瑞对于官长头目的训练，尤为认真。一时全镇空气紧张，人人兴奋。是年七月十三日，第三营后队排长出缺，冯玉祥便升补了上去。
有一天，“两宫”到万寿山巡游。第六镇二十四标奉命在路上警戒。那娇贵威武的行列走出西直门不远，不想有一个喊冤的百姓，因为不能接近，化装了卫队的样子，戴着红缨帽，混了进来，等到两宫驾到，就冲到轿子前面大声喊冤。
慈禧太后吃了一惊，几乎从轿子里冲出来。于是太后大发威风，立刻下谕把当事的队官撤职，标统和管带的领带摘去，段祺瑞也记了一次大过。
这样一来，队官降为排长，各方纷纷保荐人去补这个缺。因为保荐的人太多了，无法决定取舍，乃举行考选，以昭公允。
这次考选，有四团十二营，共计四十八连，每连派一位排长参加。结果冯玉祥竟侥幸考取了第一，当升为二十四标第二营后队队官。
冯玉祥升为队官后一个月，他父亲即患肺疾，昼夜咳嗽，痰中微带血色，请遍了附近的医生诊治，总是不见功效。后来派人到北京请了一位陆大夫来。
陆大夫是北京普仁医院的内科大夫，医术很精，但诊治月余，依然不见起色。延至十二月十五日，即溘然长逝。
冯有茂北来不久，冯玉祥即遭此大故，真是悲痛万分！
冯有茂的丧事办完，灵柩暂停离南苑二里的海子潘家庙。那时南苑围墙内不许停厝棺柩，因此隔了两个月，又将灵柩运往保定府，安葬到安徽义地里。这时已是光绪三十二年了。